​Các nhà tài trợ nghiên cứu đang thiết lập các chương trình tài trợ nghiên cứu khẩn cấp ứng phó với COVID-19 phải đối mặt với rất nhiều thách thức, đặc biệt là xoay quanh việc ưu tiên các chủ đề và phổ biến lời kêu gọi đề xuất nghiên cứu, cũng như huy động nguồn lực và kết quả nghiên cứu mong muốn. Một số thách thức chính và kinh nghiệm giải quyết được mô tả dưới đây.

Thiết lập ưu tiên: Các tổ chức tài trợ có nhiều cách khác nhau để thiết lập ưu tiên. Đặc biệt trong các lĩnh vực y sinh, các ưu tiên ban đầu thường được xác định trên cơ sở các lỗ hổng của nghiên cứu do Tổ chức y tế thế giới (WHO) xác định, để đảm bảo các vấn đề thiết yếu được giải quyết. Các đại diện từ Tổ chức Hợp tác nghiên cứu toàn cầu về phòng chống bệnh truyền nhiễm là một sáng kiến ​​quốc tế nhằm dự đoán và chuẩn bị cho các mối đe dọa trong tương lai từ các bệnh truyền nhiễm (GloPID-R), WHO, các nhà tài trợ nghiên cứu y học và các nhà khoa học đã nhóm họp vào tháng 2/2020 để đánh giá hiện trạng của tri ​​thức về COVID-19, thống nhất về các ưu tiên nghiên cứu chính và cách thức phối hợp để tăng tốc tài trợ cho các nghiên cứu ưu tiên. Ví dụ, Chính phủ Canada đã thiết kế các cơ hội tài trợ nghiên cứu quan trọng sao cho phù hợp với Kế hoạch nghiên cứu và phát triển ứng phó COVID-19 được đưa ra từ cuộc họp giữa WHO và GloPID-R. Những ưu tiên này sau đó thường được điều chỉnh cho phù hợp với bối cảnh quốc gia, có tính đến thế mạnh tương đối của các tổ chức thực hiện nghiên cứu quốc gia trong các lĩnh vực cụ thể và tránh trùng lặp với các dự án (ví dụ dự án vắc xin) do các mạng lưới quốc tế thực hiện. Tại một số quốc gia, các ưu tiên quốc gia được xác định bởi các ủy ban chuyên gia cố vấn do chính phủ thành lập để đưa ra cách tiếp cận chiến lược phối hợp. Ví dụ, ở Vương quốc Anh, các ưu tiên lần đầu tiên được xác định bởi Nhóm Cố vấn Khoa học cho các trường hợp khẩn cấp (SAGE) với sự hiệp lực của các bên liên quan trong và ngoài nước. Ngược lại, thiết lập ưu tiên ít phổ biến trong các khu vực phi y tế. Ví dụ, NSF đã yêu cầu cộng đồng nghiên cứu đề xuất nghiên cứu liên quan đến các khía cạnh phi y tế và phi lâm sàng của COVID-19. Điều này đã tạo ra một phản hồi rất lớn và đa dạng, với hàng nghìn câu hỏi và đề xuất, cùng hơn 1000 giải thưởng được cấp vào cuối tháng 10 năm 2020. Cần có sự phối hợp trong Quỹ Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ (NSF) để tránh trùng lặp và liên hệ rộng rãi với các cơ quan khác của Hoa Kỳ để tránh chồng chéo và đảm bảo các dự án được chuyển đến cơ quan phù hợp nhất. Tương tự, tại Pháp, Cơ quan Nghiên cứu Quốc gia (ANR) đã kêu gọi các đề xuất liên quan đến tác động toàn diện (ví dụ, kinh tế, xã hội và môi trường) của đại dịch COVID-19, mở rộng nghiên cứu vượt ra ngoài các ưu tiên sức khỏe cộng đồng do WHO xác định.

Trong những giai đoạn đầu của cuộc khủng hoảng COVID-19, các nhà tài trợ thường đánh giá nội bộ các đề xuất nghiên cứu thông qua các chuyên gia và người quản lý dự án của riêng họ để đưa ra quyết định. Các nhóm nghiên cứu có lý lịch chuyên môn tốt, thường được ưu tiên hơn. Để có thể quản lý được số đăng ký, một số nhà tài trợ (như Quỹ Nghiên cứu FWO ở Bỉ-Flanders) ban đầu giới hạn tài trợ cho mỗi trường đại học và bổ sung yêu cầu hợp tác giữa các cơ quan nghiên cứu trong các dự án. Trong các trường hợp khác, hội đồng chuyên gia bao gồm cả các nhà nghiên cứu trong nước và quốc tế được thành lập thông qua các thủ tục được đẩy nhanh và hoạt động trong không gian ảo (ví dụ, cơ quan tài trợ của Hội đồng Nghiên cứu Hà Lan đã giảm thời gian đánh giá đề xuất xuống còn một tháng, so với mức trung bình từ ba đến bốn tháng một lần như bình thường). Các thủ tục tăng tốc này cũng được triển khai thành công bởi các cơ sở hạ tầng nghiên cứu, cho thấy có thể đạt được hiệu quả quản lý các đề xuất nghiên cứu trong các quy trình hoạt động bình thường. Tuy nhiên, việc theo dõi nhanh số lượng rất lớn các đề xuất nghiên cứu trong thời gian kỷ lục, đã vượt quá khả năng của các cơ quan tài trợ. Ví dụ, ở Anh, số lượng đề xuất cần xem xét cao gấp đôi so với bình thường và phải hoàn thành trong một khoảng thời gian rất ngắn, dẫn đến khối lượng công việc căng thẳng và gây mệt mỏi cho các cán bộ và chuyên gia đánh giá có liên quan.

Mục tiêu chính của các chương trình tài trợ ban đầu này là cung cấp các kết quả sớm mang lại các giải pháp, trong đó ưu tiên tài trợ cho các phòng thí nghiệm nghiên cứu uy tín có bề dày thành tích. Tuy nhiên, một số nhà tài trợ đã triển khai các kế hoạch ưu tiên lợi ích của dự án hơn là danh tiếng của nhóm, thừa nhận rằng các đề xuất nghiên cứu đột phá có thể bắt nguồn từ nhóm nghiên cứu không chuyên.

Trong hầu hết trường hợp, các nhà tài trợ đã không thiết lập các thủ tục riêng để tạo thuận lợi cho việc tiếp nhận các kết quả nghiên cứu. Mặc dù trách nhiệm đã được phân chia, nhưng lĩnh vực này có lẽ cần được chú ý nhiều hơn. Tại Hoa Kỳ, Quỹ Khoa học quốc gia (NSF) đã hỗ trợ thành lập Ban thông tin COVID thực hiện kết nối các nhà nghiên cứu chính của dự án để cung cấp các công cụ tìm kiếm các giải thưởng của NSF liên quan đến COVID-19 và phối hợp nỗ lực nghiên cứu khác ở trong nước và quốc tế. Tương tự, Viện Nghiên cứu Y tế Canada (CIHR) cũng kêu gọi xây dựng Mạng lưới Tổng hợp Kiến thức COVID-19. Tại Pháp, cơ chế mới giám sát tập trung các kết quả nghiên cứu đang được thiết lập bởi nền tảng COVID-19 quốc gia. Trong khi phần lớn các cơ quan tài trợ khuyến khích chia sẻ dữ liệu và kết quả nghiên cứu khoa học, nhưng việc khai thác các kết quả này chủ yếu lại dành cho các bên liên quan khác trong hệ sinh thái nghiên cứu (tức là các nhà nghiên cứu, các tổ chức và các công ty tư nhân). Các nhà tài trợ có nhiều cơ hội để hỗ trợ và phối hợp chặt chẽ với những chủ thể này.

P.A.T (NASATI), theo Science, Technology and Innovation Outlook 2021: Times of Crisis and Opportunity, OECD