Chọn giống dựa trên lý thuyết di truyền số lượng đã được chứng minh là cách thức khoa học và có hiệu quả nhằm nâng cao các tính trạng mong muốn trên vật nuôi. Ngoài ra, kết quả của chọn giống còn được tích lũy và duy trì qua từng thế hệ, do đó, chất lượng con giống được ổn định và gia tăng theo thời gian. Chọn giống đã được thực hiện thành công trên cây lương thực, gia súc, gia cầm từ đầu thế kỷ trước như ngô, heo, bò, gà. Đối với thủy sản, chọn giống cá được thực hiện trên cá hồi Đại Tây Dương (Salmo salar) vào đầu thập niên 1970 tại Na Uy. Sau đó, lý thuyết chọn giống được áp dụng hiệu quả trên nhiều loài thủy sản khác như cá rô phi vằn, tôm thẻ chân trắng, cá tra, v.v...
Nghề nuôi cá rô phi đỏ tại đồng bằng sông Cửu Long đòi hỏi con giống có chất lượng, cụ thể là tăng trưởng nhanh, màu sắc đỏ đẹp và tỉ lệ sống cao. Nhu cầu này có thể được giải quyết bằng chọn giống dài hạn. Trong chọn giống cá rô phi, mối quan tâm lớn nhất là giảm thiểu đến mức tối đa ảnh hưởng không mong muốn của môi trường ương nuôi các gia đình riêng rẽ (environmental effects common to full-sibs, viết tắt c2). Ảnh hưởng c2 là do thời gian sản xuất các gia đình kéo dài và thời gian ương đến kích cỡ đánh dấu. Để giảm thiểu thời gian ương nuôi gia đình riêng rẽ, từ đó giảm c2 và giảm chi phí dấu từ, có thể sử dụng các chỉ thị phân tử như microsatellites hoặc SNP để truy xuất phả hệ. Điều này cho phép ương chung đại diện các gia đình từ sớm hơn, giúp giảm c2. Do vậy, việc thực hiện đề tài ‘Ứng dụng di truyền phân tử, di truyền số lượng phục vụ chọn giống nâng cao sinh trưởng cá rô phi đỏ (Oreochromis spp.)’ của TS. Trịnh Quốc Trọng và các đồng nghiệp tại Trung tâm Quốc gia Giống Thủy sản Nước ngọt Nam Bộ, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II là một bước tiến trong kỹ thuật chọn giống và giúp tăng nhanh hiệu quả chọn lọc, góp phần cho phát triển nghề nuôi tại khu vực.
Sau 3 năm thực hiện, đề tài đã thực hiện 3 nội dung: (1) ước tính thông số di truyền và chọn giống qua 3 thế hệ từ G2 đến G4 cho tính trạng tăng trưởng và màu sắc đỏ đẹp, (2) sử dụng các chỉ thị phân tử microsatellite để xác định phả hệ, và (3) phát tán đàn cá chọn giống phục vụ sản xuất.
* Đề tài đã chọn lọc và nuôi vỗ thành thục cá bố mẹ từ thế hệ G1 (nước mặn =317 cá cái + 95 cá đực, nước ngọt = 390 cá cái + 119 cá đực), G2 (812 cá cái + 251 cá đực) và G3 (706 cá cái + 374 cá đực) và sản xuất tổng cộng 483 gia đình.
* Đối với tính trạng tăng trưởng, hệ số di truyền (h2) nằm ở mức trung bình khá (0,22 - 0,29), gần như tương đương ở G2 (0,19 0,09) và G3 (0,22 0,09), sau đó tăng lên ở G4 (0,29 0,10). Ảnh hưởng của môi trường ương nuôi riêng rẽ (c2) không vượt quá 10% phương sai kiểu hình (0,07 - 0,10), ở G2 là 0,10 0,03, G3 là 0,08 0,04 và G4 là 0,07 0,03).
* Đối với tính trạng màu sắc, hệ số di truyền (h2) của ở mức khá, duy trì ổn định qua 3 thế hệ chọn giống và tương tự cho cả 2 mô hình logit và probit (0,27 - 0,33), và đều khác biệt có ý nghĩa so với zero. Hệ số di truyền thực tế ở các thế hệ từ 0,22 đến 0,47.
* Hiệu quả chọn lọc của 3 thế hệ rô phi đỏ chọn giống G2, G3 và G4 dao động từ 17,6 đến 49,8 g (giá trị tuyệt đối) hoặc 5,4 đến 14,2% (giá trị phần trăm). Sau 3 thế hệ chọn lọc (từ G2 đến G4) thì hiệu quả chọn lọc tăng hơn 24% so với ban đầu. Hiệu quả chọn lọc cũng tương đồng với (sự khác biệt) của trung bình giá trị kiểu hình ở từng thế hệ.
* Tương quan di truyền của tính trạng khối lượng thu hoạch giữa hai môi trường nuôi ở mức 0,85 ± 0,70, cho phép nhận định tương tác kiểu gen – môi trường (tương tác G×E) ở thế hệ G2 là không có ý nghĩa quan trọng về mặt sinh học. Không có hiện tượng tương tác G × E giữa hai môi trường nuôi nước ngọt và lợ mặn cho tính trạng khối lượng thu hoạch trên cá rô phi đỏ chọn giống G2.
* Kết quả bước đầu cho thấy tiềm năng của việc ứng dụng microsatellite trong xác định phả hệ cá rô phi đỏ chọn giống. Sử dụng 12 microsatellites sàng lọc từ 30 microsatellites để thử nghiệm xác định phả hệ cá rô phi đỏ. Việc xây dựng bộ chỉ thị phân tử microsatellite truy xuất phả hệ cá phục vụ cho công tác chọn giống có ý nghĩa quan trọng trong việc giảm thiểu đến mức tối đa ảnh hưởng không mong muốn của môi trường ương nuôi các gia đình riêng rẽ. Kết quả thử nghiệm trên 82 gia đình cá rô phi chọn giống G3 cho kết quả truy xuất 92,1% cá con được xác định chính xác thuộc cặp cá bố mẹ G2 riêng rẽ và 7,9% cá con được xác định có nhiều hơn một cặp cá bố mẹ G2. Kiểm chứng 12 microsatellites thế hệ G4 cho kết quả 90,1% cá con được xác định chính xác thuộc cặp cá bố mẹ G3 riêng rẽ, 6,9% được xác định có nhiều hơn một cặp cá bố mẹ và 3,0% không xác định được huyết thống.
* Đã tạo đàn cá bố mẹ chọn giống phục vụ cho sản xuất dựa trên hệ số di truyền và hiệu quả chọn lọc, đề tài đã phát tán được 3.000 con cá chọn lọc kích cỡ 30 con/kg cho 2 trại giống ở tỉnh Tiền Giang và tỉnh Vĩnh Long. Cá giống có nguồn gốc từ cá bố mẹ chọn lọc có tốc độ tăng trưởng nhanh, màu sắc đẹp và các chỉ tiêu sinh sản đạt yêu cầu sản xuất.
